Se estableció un diseño experimental con 80 unidades experimentales, constituido por 4 tratamientos con Rhizophagus intraradices y 4 tratamientos sin Rhizophagus intraradices, con 5 repeticiones en dos especies (L. sativa y P. ixocarpa) distribuidas completamente al azar. Los sustratos vermicomposta, agrolita, tezontle, peatmoss y tierra negra fueron esterilizados con la finalidad de evitar la competencia entre micorrizas nativas y otros patógenos. Por otra aparte, las plantas de tomate y lechuga se sembraron de manera indirecta por almácigo y al trasplantarlos, se inocularon junto con el microorganismo Rhizophagus intraradices y las mezclas de sustratos (Tierra negra, Tierra negra + agrolita + tezontle, 15% vermicomposta + agrolita + tezontle, 15% vermicomposta + agrolita + peatmoss). Durante el cultivo, se realizó un registro quincenal de las medidas agronómicas y los componentes de rendimiento de cada planta para así determinar la eficacia del fertilizante. El mejor sustrato para el crecimiento de Lactuca sativa y Physalis ixocarpa fue el compuesto por 15% vermicomposta + agrolita + peatmoss sin la micorriza arbuscular Rhizophagus intraradices, debido a que el peatmoss y la vermicomposta contribuyen a que la materia orgánica se encuentre en mayor disponibilidad para las plantas. Los mejores resultados en cuanto a rendimiento de ambas hortalizas se obtuvieron con la aplicación de vermicomposta, no existiendo diferencia entre los tratamientos que fueron micorrizados y aquellos que no lo fueron; sin embargo, la micorriza arbuscular Rhizophagus intraradices contribuyó en el proceso de adaptación en el establecimiento de los cultivos en la azotea y presentaron características cualitativas que no fueron cuantificadas como: mayor verdor, mejor vigor y floración temprana. Una conclusión a resaltar es que los sustratos usados en una azotea deben ser ligeros ya que el menor peso facilita su manejo.