Un buen proceso de ensilado se caracteriza por la activa producción de ácidos carboxílicos volátiles y no volátiles por las bacterias anaeróbicas que utilizan carbohidratos solubles como principal sustrato químico. Para lograr una adecuada conservación de la pulpa de café por medio del ensilaje se deben tener en cuenta los siguientes aspectos:

1. Características del sustrato: La pulpa de café debe provenir de un despulpado sin agua, ya que ésta posee las condiciones adecuadas para ser ensilada sin necesidad de utilizar aditivos. La pulpa por ensilar no debe tener más de 2 días de obtenida, debido a las pérdidas de azúcares por fermentación que ocasionarían un producto de mala calidad. Tamaño de partícula entre 1 y 2 cm. El contenido óptimo de humedad debe estar entre el 60 y el 70%. 
2. Tipo de silo: La pulpa se puede ensilar en silos tipo fosa, los que deben tener forma trapezoidal, lo cual consiste en que el área superior es más ancha que la inferior, con el fin de realizar una mejor compactación del material. Estos silos deben tener una altura mínima de 1,5 metros. El fondo de la fosa una inclinación del 1% hacia un canal central de 10 cm de ancho y éste, a su vez, también debe tener una pendiente igual por donde se deben canalizar los lixiviados fuera de la fosa para evitar que se acumulen y dañen el material ensilado. Alrededor de la fosa se debe construir una zanja para permitir la canalización y drenaje de las aguas lluvias e impedir que se infiltren al interior de la fosa.
3. Llenado y sellado del silo: El primer paso para llenar el silo consiste en cubrir las paredes de la fosa con plástico tipo invernadero, para evitar que los microorganismos del suelo interfieran con el proceso de ensilado. Luego se empieza a adicionar la pulpa a granel, en capas de aproximadamente 20 cm y se compacta con la ayuda de un pisón o directamente con los pies. Si no se dispone de la pulpa necesaria para llenar el silo se puede ir ensilando la pulpa que se obtenga diariamente hasta por un período de 2 semanas. La pulpa también se puede ensilar almacenada en costales de fibra o fique. Posteriormente se tapa el material ensilado con plástico de invernadero y se adiciona una capa de tierra de aproximadamente 20 cm de altura, para evitar la entrada de aire y mantener constante la temperatura. Finalmente, se corta pasto y se coloca sobre la fosa.
4. Salida de lixiviados: Por cada tonelada de pulpa de café ensilada se producen aproximadamente 150 litros de lixiviados con una carga contaminante en términos de DQO del orden de 96.000 ppm y un pH de 4, los cuales deben tratarse en los Sistemas Modulares de Tratamiento Anaeróbico (SMTA) recomendados por Cenicafé para el tratamiento de las aguas residuales de lavado.

La dinámica del proceso de ensilaje de la pulpa de café tiene una duración aproximada de 25 días, tiempo en el cual ya han ocurrido las fermentaciones de tipo aerobio y anaerobio y el material se encuentra estable.

Para el cultivo de hongos comestibles del género Pleurotus la pulpa ensilada se empacó en costales de fibra, a razón de 25 kg/costal y se puso a fermentar durante 10 días bajo agua que contenía benlate a una concentración de 160 miligramos/litro. Los mayores rendimientos encontrados en el cultivo de hongos del género Pleurotus sobre pulpa de café ensilada, al compararlos con la pupa fresca, estuvieron favorecidos por el incremento en el contenido de fibra y la disminución en el contenido de potasio que se presentó en la pulpa ensilada debido a los procesos de fermentación.

Para los lombricultivos, la pulpa ensilada se adicionó en capas de 4 cm y la alimentación se realizó una vez por semana. Durante la experimentación se encontró una capacidad de proceso por parte de la lombriz de 0,85 kg de pulpa ensilada/m2-día y una producción de lombricompuesto húmedo de 0,38 kg de lombricompuesto/m2-día. En este caso el rendimiento del proceso de lombricultura fue del 45%, ligeramente superior al encontrado con la pulpa fresca que fue del 42%.